Naruto Uzumaki es un ninja adolescente que tiene encerrado en su interior al «Zorro Demonio de Nueve Colas» Kyūbi . Doce años antes del inicio de la serie, este demonio atacó a la Aldea Oculta de la Hoja,matando a muchas personas. Como consecuencia, el líder de la aldea (el Cuarto Hokage, Minato Namikaze) sacrificó su vida utilizando el Shiki Fūjin para sellarlo dentro de Naruto cuando era un recién nacido, con lo que esperaba detener la masacre. Por ello, Naruto fue víctima de maltratos por quienes lo consideraban como el propio Kyūbi. A manera de solución, el Tercer Hokage (quien tuvo que reasumir el mando luego del sacrificio del Cuarto Hokage) publicó un decreto donde prohibía a cualquiera la mención sobre el ataque del Kyūbi, y quien lo hiciera sería severamente castigado. Doce años más tarde, Naruto se gradúa de la Academia Ninja usando su técnica clones de sombra (影分身の術, Kage Bunshin no Jutsu), proveniente del pergamino prohibido de la aldea, el cual había robado tras ser engañado por el ninja renegado Mizuki, con el supuesto fin de salvar a su maestro Iruka Umino. Este encuentro le permitió a Naruto percatarse de que él era el recipiente contenedor del Kyūbi, y que había alguien que lo estimaba y lo reconocía moralmente como una persona.
La historia principal sigue a Naruto y al crecimiento individual de sus amigos, junto a su desarrollo como ninja. Además, se centra en las interacciones entre éstos y la influencia del entorno en sus personalidades. Conforme transcurre la serie, Naruto se relaciona con Sasuke Uchiha y Sakura Haruno, con quienes conforma el «Equipo 7» junto a su sensei Kakashi Hatake.Cabe mencionarse que Naruto confía mucho en ellos así como en otros personajes que irá conociendo poco más adelante. Mientras ellos aprenden nuevas habilidades y conocen a nueva gente y escenarios durante sus misiones, Naruto lucha por su sueño de volverse el máximo líder de su aldea (Hokage) y ser reconocido como alguien importanteNaruto Shippuden
Después de entrenar durante dos años y medio con Jiraiya, Naruto Uzumaki vuelve a la Aldea Oculta de la Hoja, donde se reúne con sus viejos amigos para volver a conformar el Equipo 7, ahora renombrado a «Equipo Kakashi». Ante la ausencia de Sasuke, Sai toma el lugar vacante del conjunto. En esta continuación, los compañeros de Naruto han madurado respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar el chakra del Kyūbi. Contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Shippūden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Bijū.
